Die ersten Einwohner lebten wahrscheinlich am Ende der Steinzeit, um ca. 1800 v. Chr., im Gebiet von Schöfflisdorf. Im Wald auf der Egg wurden Grabhügel gefunden.

1285 war die erste urkundliche Erwähnung von Schöfflisdorf in einem Pergamentbrief vom Freiherr Lütold VIII. von Regensberg, wo der Verkauf eines Grundstückes an einen Berchtold von Waldhausen im Bachsertal bestätigt wird. Der Pergamentbrief wird heute noch im Staatsarchiv Zürich aufbewahrt. Im Jahre 1285 schrieb man Schephelstorf, 1287 Schefelstorf, 1305 Scheffelstorf, 1310 Scheffilsdorf, 1331 Schoefelsdorf, 1467 Schoeffelstorff, 1548 zum ersten mal wie heute, 1549 Schöpflistorf, 1617 Söfflistorf und 1713 Schäflisdorf. Nach der letzten Form entstand bald darauf das Gemeindewappen mit dem Schäfchen. Die Orte, deren Namen mit –dorf enden, wurden nicht schon während der frühesten alemannischen Besiedlung gegründet, sondern erst im 9. Jahrhundert, als bei uns fränkische Grafen regierten. Andere Ortsbezeichnungen waren viel früher aufgetaucht. So hatte man zum Beispiel schon im Jahre 828 das Waninctal (Wehntal, nach dem Niederweninger Dorfgründer Wano) erwähnt.

Im 13. Jahrhundert wurde die erste Kapelle in Schöfflisdorf errichtet, das damals noch zur Kirchgemeinde Niederweningen gehörte. 1409 kam Schöfflisdorf mit dem übrigen Wehntal unter die Herrschaft der Stadt Zürich. 1524 trat die damalige Bevölkerung wie die anderen Zürcher Unterländer zum reformierten Glauben über. 1706 wurde die heutige Kirche gebaut, 1713 folgte das Pfarrhaus.

Im Frühjahr 1798 marschierten im Zusammenhang mit den Koalitionskriegen die napoleonischen Truppen ein. Während der Zweiten Schlacht von Zürich gab es auch grössere Truppenaufmärsche in Wehntal. Es folgten bis 1802 Kriegswirren. Im Sommer 1802 verliessen die Franzosen unser Vaterland.

1843 wurde die Strasse nach Zürich ausgebaut. Auf Anregung des Dorfpfarrers wurde die Strasse nicht wie ursprünglich vorgesehen entlang der Lägern gebaut, sondern mit einem scharfen Bogen in Richtung Dorf geführt. Die Kurve erhielt den Namen Pfaffenrank. Bereits ein Jahr zuvor fuhr die erste Postkutsche auf der Strecke Zürich–Dielsdorf–Niederweningen durch Schöfflisdorf. 1891 wurde die Eisenbahnstrecke von Dielsdorf nach Niederweningen eröffnet. 1973 wurde der beschrankte Bahnübergang im 'Pfaffenrank' aufgehoben und durch eine Überführung ersetzt. Im gleichen Jahr wurde die Mehrzweckhalle eröffnet. 1990 Eröffnung der S-Bahn Zürich. In den darauffolgenden Jahren setzte ein starkes Bevölkerungswachstum ein. Es wurden mehrere Quartiere mit Ein- und Mehrfamilienhäuser gebaut. Der Einfluss der Stadt Zürich wurde spürbar stärker.

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Im Frühling 1960 beschlossen die Stimmberechtigen von Schöfflisdorf nach dem Antrag des Gemeinderates, ein Buch über die Ortsgeschichte drucken zu lassen. Die von Heinrich Hedinger, alt Lehrer in Regensberg, verfasste Chronik erschien 1965 und ist leider vergriffen.

Das vergriffene Werk ist nachfolgend als pdf vorhanden und kann heruntergeladen werden (die gescannte Version wurde dem Gemeinderat von einem Einwohner geschenkt - herzlichen Dank).